Более 10 лет работает в области стратегического управления и повышения эффективности бизнеса в крупных российских и международных промышленных компаниях.
С 2011 по 2022 годы работала в Фонде «Сколково», занимая должности вице-президента по стратегии и инвестициям, а затем — генерального директора «Сколково Форум». В рамках своей деятельности фокусировалась на решении задач в области формирования условий, благоприятных для развития технологических компаний, включая привлечение венчурных инвестиций и их продвижение на рынок, а также формирования экосистемы, объединяющей стратапы, инвесторов и партнеров. При участии Екатерины была запущена конференция Startup Village, посвященная технологическому предпринимательству и ежегодно привлекающая более 10 тысяч посетителей. Также Екатерина координировала развитие единой площадки для поддержки формирования и масштабирования предпринимательского сообщества, объединяющей предпринимателей, инноваторов, исследователей, инвесторов не только России, но и стран-участников Таможенного Союза ЕАЭС, а также стран дальнего зарубежья.
Начиная с 2017 года стала активным участником Совета Евразийского женского форума, инициировала и активно работала над проектом бесшовной интеграции женщин в новую цифровую экономику. В феврале 2023 года стартовала с проектом «Женщины за развитие регионов и внутреннего туризма», основной задачей которого является способствование повышению вовлеченности женского трудоспособного населения в развитие собственного региона через формирование новых компетенций в рамках новых образовательных программ, а также стимулирование возникновения малых предпринимательских инициатив.